Sau khi để xổng 4000 chủng loại Amazon ra khỏi phòng thí nghiệm, một đội tiêu diệt côn trùng được thành lập, cùng hai Amazons đối lập nhau: Jin (Kamen rider Amazon Alpha) và Haruka (Kamen rider Amazon Omega). Cả hai mang trong mình tế bào Amazon có khả năng ăn tế bào con người, họ cùng nhau giải mã những bí ẩn và câu chuyện qua những chuyến đi săn Amazon chuyên ăn thịt người. Truyện xảy ra trong bối cảnh cuối SS1 của phim