Kết thúc X2, X đã tiêu diệt được Sigma và cứu thoát Zero, mọi người bắt tay vào công cuộc xây dựng thành phố. Tuy nhiên hòa bình không được lâu dài. Dr.Doppler, một người máy bác học, đã nổ lên trận bạo loạn mới cùng các Maverick dưới trướng. Một cuộc chiến mới vì hòa bình nhân loại bắt đầu .