Một hạm đội bí ẩn với những siêu vũ khí với cái tên “hạm đội sương mù” bất ngờ xuất hiện trên toàn thế giới, nhân loại không có công nghệ nào có thể chống lại hạm đội này, họ đã bị quét sạch khỏi đại dương…. 17 năm sau cuộc chiến đó, vì nhiều lý do, Gunzou Chihaya và thủy thủ đoàn của anh trên tàu I-401 cùng với hiện thân (nhân tính hóa) của I-401, Iona, bắt đầu cuộc chiến chống lại “hạm đội sương mù”…..